В 1893 году приступил к несению таможенной службы на Балтике, базируясь на Усть-Нарву, построенный в Нанте (Франция) пограничный крейсер «Роксана» (157 т; 37Х Х4,2Х2,0 м; 600 л. с; 12/10 уз; 600 миль; два 37-мм орудия), сразу же зарекомендовавший себя исключительно мореходным и надежным судном. Следует отметить характерную особенность кораблей пограничной стражи — вооружение их исключительно скорострельными орудиями малого калибра. Например, в ходе службы на барказах типа «Ласточка» 87-мм орудия заменили пушками Энгстрема калибра 44 мм, имевшими унитарный патрон. Такое вооружение диктовалось особыми условиями службы кораблей. На суше контрабандисты часто вступали в ожесточенные перестрелки с пограничниками, нередки были и попытки прорыва границы с боем. На море же капитан судна-нарушителя, столкнувшись «нос к носу» с паровым, хорошо вооруженным кораблем пограничной стражи, стремился как можно быстрее убраться подобру-поздорову, даже не пытаясь оказать сопротивления. Весьма характерен следующий эпизод. 9 декабря 1895 года, получив сведения о готовящемся нарушении границы, командир пограничного крейсера «Страж» штабс-капитан Щелкунов немедленно вывел свой корабль в море на перехват контрабандистов. Крейсер встал на якорь в двух милях к западу от Полангена (ныне — г. Паланга), и около шести часов вечера сигнальщики заметили силуэты двух парусных шхун, идущих со стороны Пруссии. Но как только на корабле спустили шлюпку с осмотровой партией, оба парусника спешно повернули на обратный курс и, прибавив парусов, с попутным ветром ушли за кромку прусских территориальных вод. Головная шхуна-нарушитель сначала вела на буксире тяжело нагруженную шлюпку, которую контрабандисты бросили, спасаясь бегством. «Трофей» отбуксировали к борту крейсера и, невзирая на сильное волнение, подняли на палубу. По окончании операции «Страж» снялся с якоря и к утру следующего дня возвратился в Либаву. На этот раз, к удивлению моряков, контрабандный груз состоял из 16 тяжелых ящиков, где находились... 17 640 фарфоровых кукольных голов! Впрочем, куклы куклами, а за задержание груза стоимостью 632 рубля 80 копеек (по оценке Либавскои таможни) 28 членов экипажа крейсера «Страж» получили немалое денежное вознаграждение.

Помимо таможенного управления флотилия подчинялась в строевом и инспекторском отношениях морскому ведомству, которое занималось комплектацией личного состава таможенных крейсеров. Это было нелегким делом, учитывая нежелание большинства строевых офицеров выполнять обязанности таможенников. Многоступенчатость и громоздкость структуры управления таможенными службами побудили императора Александра III 15 октября 1803 года перевести пограничную стражу из Управления департамента таможенных сборов в Отдельный корпус пограничной стражи с подчинением особому командиру. Сам корпус передавался в распоряжение министра финансов, которому присваивалось звание «Шеф пограничной стражи». Новым начальником пограничников стал статс-секретарь граф С. Ю. Витте, выдающийся государственный деятель, много сделавший для укрепления экономики и границ России
С образованием Отдельного корпуса пограничной стражи паровые барказы «Чайка», «Копчик» и шхуну «Зоркая» передали морскому ведомству, а все остальные пограничные крейсеры исключили из списков Балтийского флота и зачислили в «Крейсерскую флотилию Отдельного корпуса пограничной стражи». Единое командование флотилией отсутствовало, и каждый из крейсеров находился в подчинении командира одной из бригад пограничной стражи, несущих охрану побережья на определенном участке. На Балтике все корабли распределили между Санкт-Петербургской, Ревельской, Аренсбургской и Рижской бригадами. На Каспийском море «Часовой» поступил в распоряжение командира Закаспийской бригады пограничной стражи. Теперь комплектованием экипажей занималось Управление корпуса, причем нижние чины набирались из новобранцев пограничной стражи, а командиры кораблей назначались из числа офицеров флота, уволенных в отставку или же добровольно перешедших из морского ведомства. Большинство специалистов (боцманы, рулевые, машинисты и др.) служило по вольному найму.

В 1898 году крейсерская флотилия получила пополнение. Фирма «Крейтон и К°» построила паровой крейсер «Орел» (125 т; 35,1X Х5,1Х2,4 м; 250 л. с; 12/8 уз; 1200 миль; два 37-мм орудия; 28 человек). Местом базирования нового корабля стал Ревель.
К началу нового века вследствие увеличивающегося товарооборота, главным образом за счет экспорта зерна и ввоза различных товаров из Европы, возросло экономическое значение Новороссийска и Одессы. Для организации морской пограничной охраны на Черном море Министерство финансов выделило необходимые средства по личному указанию С. Ю. Витте. В 1900 году в строй вступили крейсеры «Ястреб» и «Ворон», построенные в Одессе на верфи Общества «Белли-по-Фендерих» (60 т; 21,0Х6,ЗХ 1,3 м; 150 л. с; 9/3 уз; 600 миль; 76-мм орудие) и паровой крейсер одесской постройки «Коршун» (100 т; 30,5X6,1X1,2 м; 225 л. с; 8 уз; 380 миль), который можно считать самым красивым кораблем погранохраны. Термин «крейсер» совершенно не вяжется с обликом этой изящной белоснежной яхты, и только 37-мм пятиствольные орудия Гочкиса, уста-новленные на спонсонах впереди ходового мостика, выдавали истинное назначение ко-рабля. Основными зонами патрулирования черноморских погранкрейсеров стали под-ходы к Одессе, Керченский пролив и устье Дуная.
Постепенно районы службы кораблей флотилии расширялись, и находящиеся в трою барказы типа «Ласточка» уже не отвечали предъявленным требованиям, тем более, что очень часто крейсерам пограничной стражи приходилось нести дозор в штормовых условиях, попадая нередко в тяжелые ситуации.

Пограничный крейсер «Орел», следуя из Кронштадта в Ревель в ночь с 11 на 12 августа 1901 года, в 20 милях от Ревеля был застигнут штормом силой 8—10 баллов. Удары волн по корпусу вызвали сотрясение механизмов, что привело к аварии — лопнули болты фланцев на трубопроводе свежего пара от главного парового котла к машинной помпе, и все машинное отделение заполнилось горячим паром. Командир корабля, ротмистр Вальронд направил крейсер к плавучему маяку «Ревельстейн», чтобы около пего стать на якорь и исправить повреждения. Но давление пара в котле стремительно падало, и «Орел», не дойдя до маяка, потерял ход и остановился, беспомощно раскачиваясь на волнах. Погасло электричество. Отданный на 20-саженной глубине якорь не «забрал», и громадные валы, идущие с норд-веста, понесли корабль на камни банки Ревельстейн. Темноту ночи разорвали вспышки выстрелов — комендоры открыли огонь из орудий, подавая сигнал бедствия. Видя, что приходится рассчитывать только на свои силы, командир корабля в 4 ч 30 мин приказал ставить паруса. «Орел» сразу же развернулся поперек волны, качка стала плавной, появился ход, и корабль стал слушаться руля. «Впритирку» обогнув камни, крейсер с попутным ветром направился в Ревель, куда и прибыл в 10 ч утра. На следующий день после устранения повреждений крейсер снова был готов к выходу в море. За спасение корабля командир Отдельного корпуса пограничной стражи генерал от артиллерии А. Д. Свиньин выразил ротмистру Вальронду «сердечную признательность». В ту пору подобная официальная форма благодарности встречалась не часто, что впоследствии обеспечило командиру «Орла» успешное продвижение по службе.

Следует также отметить одну характерную особенность пограничной службы того времени. Сведения о планируемых контрабандных операциях, весьма хорошо оплачиваемые, регулярно доставлялись осведомителями, и зачастую от крейсеров требовалось только точно и вовремя выйти в точку перехвата судна-нарушителя. Так было и в один из августовских дней 1901 года, когда командир крейсера «Лебедь» ротмистр Севастьянов получил от командира Ревельской бригады сведения о выходе из Мемеля (ныне г. Клайпеда) судна с контрабандным грузом. Корабль тотчас снялся с якоря и вышел из порта Гапсаль (ныне г. Хаапсалу) в Моонзунд. В ночь на 17 августа пограничники осмотрели два судна, стоящие на якорях у острова Моон, и около трех часов ночи, в районе между маяками Вердер и Патерностер, задержали каботажный парусник «Лео», в трюме которого обнаружили 45 бочонков контрабандного спирта и прочие товары общей стоимостью 1130 рублей 39 копеек.

Успешные действия морских пограничников на Балтике побудили Министерство финансов выделить средства для обновления части корабельного состава. В 1904 году последние оставшиеся в строю паровые барказы «Ласточка» и «Нырок» вывели из эксплуатации и «за ветхостью» продали с торгов. Вместо них вошли в строй однотипные паровые крейсеры «Кондор» и «Беркут» (322 т; 48,6Х Х6.6Х2.4 м; 1200 л. с; 13,5/10 уз; 2000 миль; четыре 47- и два 37-мм орудия), построенные в Бьернеборге (Финляндия). 24 июля 1904 года крейсер «Кондор» отдал якорь на Петергофском рейде. Команде и командиру корабля, теперь уже подполковнику Вальронду. выпала небывалая доселе честь — представлять свой корабль Николаю II, который первым из русских императоров удостоил своим посещением крейсер пограничной стражи. Смотр прошел блестяще. Государь подробно осмотрел весь корабль, снял пробу на камбузе и, прощаясь с командой, кратко и выразительно подвел итог: «Застал все в лучшем виде». Пожелав командиру счастливого плавания, царь убыл на катере в Петергоф, а «Кондор» снялся с якоря, направляясь к месту основного базирования — в Ревель.

Строился «Ястреб» по чертежам «Кондора» и «Беркута», а вместо паровых машин установили два шестицилиндровых дизеля производства петербургского завода «Л. Нобель». Проект их установки выполнил младший судостроитель Николаевского военного порта капитан В.Е. Карпов. После вступления в строй «Ястреб» стал первым теплоходом на Черном море. 17 сентября 1913 года в Севастополе крейсер посетил Председатель Совета министров и министр финансов статс-секретарь В. Н. Коковцев, а через два дня — прибывший из Ливадии Николай II. Впоследствии журнал «Теплоход» писал: «19 сентября 1913 г. Государь Император осчастливил своим осмотром крейсер пограничной стражи „Ястреб", причем Его Императорское величество, подробно ознакомившись с установленными на крейсере двигателями Дизеля, изволил обратить особенное внимание на быстроту пуска в ход двигателей, а также на быстроту перемены хода с переднего на задний». Далее читателям сообщалось: «Ввиду благоприятных результатов испытаний крейсера предполагается заказать для Пограничной стражи еще три моторных крейсера подобного же типа, причем наиболее вероятным строителем новых судов называют завод Добровых и Набгольц в Нижнем Новгороде. Двигатели для крейсеров этот завод предлагает заграничные системы „Сабатэ"». К сожалению, эти планы остались на бумаге, и «Ястреб» остался последним кораблем, построенным для крейсерской флотилии.
На 1 января 1914 года балтийские крейсеры пограничной стражи дислоцировались следующим образом: «Страж» и «Беркут» — в Ревеле, «Орел» и «Кондор» - в Риге, «Роксана» — в Нарве и «Абрек» — в Либаве. На Черном море паровой «Ястреб» и «Коршун» базировались на Одессу. «Ворон» — на Керчь, а моторный крейсер «Ястреб» — на Батум. В ряде источников упоминаются еще два корабля: 50-тонная, 165-сильная паровая яхта «Копчик» (база в Ревеле) и 30-тонная, 150-сильная моторная (дизельная) яхта «Кречет», приписанная к Баку. Какие-либо дополнительные сведения об этих кораблях пока не обнаружены.

С началом первой мировой войны все корабли Отдельного корпуса пограничной стражи мобилизовали и зачислили в состав Балтийского и Черноморского флотов в качестве посыльных и портовых судов. Все они благополучно прошли через военные испытания, и только «Страж» погиб в октябре 1916 года в результате навигационной аварии.